La imagen de la Virgen del Loreto existía con anterioridad a la creación de la hermandad y tenía una capilla propia en la Parroquial de Santa María de Atienza, a la que doña Micaela Vidaurre de Orduña realiza varias donaciones en 1660.
La Hermandad fue fundada el día 25 de marzo de 1702 por treinta y cuatro hombres, con el fin de celebrar el culto a la Virgen y costear dignos entierros a los hermanos, los cuales debían acudir obligatoriamente con capa negra, siendo sancionados si no la llevaban.
En origen la fiesta de la hermandad era el día de la Candelaria (el 2 de febrero), cuando tenían su fiesta muchas hermandades de Huete, como la del Rosario. A partir de 1784, cuando traslada su sede a San Nicolás, debió cambiar la fiesta al 10 de diciembre porque la Candelaria era también celebrada por la hermandad de Guadalupe.
En origen, el número de hermanos no podía ser mayor de 34, acrecentándose la cifra a mediados del XIX, y sobre todo, en los últimos años, cuando están inscritos casi 400 cofrades. Su Majestad el Rey don Felipe VI es hermano mayor honorario.
El órgano supremo de la Hermandad es la junta general, celebrada el día de la víspera de la fiesta, en la que se toman los correspondientes acuerdos y se elige a la junta de diputación, formada por dos hermanos mayores (un hombre y una mujer), elegidos por orden de antigüedad, y tres diputados y un secretario- tesorero, elegidos por mayoría de votos.
La función de la Virgen es muy solemne, y a ella asiste la junta de diputación con las capas clásicas de hermanos. Al término de la misma, se invita a los asistentes al refresco y almuerzo de costumbre y a la torta de mazapán de la Virgen, tradición recuperada en los últimos años.
El 13 de diciembre de 1997 se procedió a la bendición del nuevo retablo de Nuestra Señora, realizado en el Taller de Horche, que ha sido sufragado por las cuotas y donativos de los Hermanos.
En el año 2002 se celebró el Tercer Centenario de la Hermandad, bajo la presidencia de Su Majestad la Reina doña Sofía. La actividad más importante del mismo fue una exposición conmemorativa Esplendores de la Devoción en San Nicolás el real, dedicada al Barrio de Atienza, para la que se publicó un catálogo en el que participaron profesores de universidad e importantes investigadores.