La Hermandad de San Juan Evangelista de Huete tiene más de cinco siglos de existencia. Los documentos más antiguos encontrados se remontan al año 1512, pero seguramente fue fundada a lo largo del siglo XV.
En un principio fue conocida como Cabildo del Glorioso Señor San Juan Evangelista y tenía su sede en la parroquia de Santa María de Atienza, pero las medidas de supresión de hermandades de los gobiernos ilustrados, motivaron que para 1784 el Cabildo se transformase en la Mayordomía de San Juan. Con este cambio, los recursos solamente podían dedicarse al culto y mantenimiento del templo. Esto motivó que se organizase una estructura paralela a través de la Comisión para la organización de las fiestas.
Desde entonces, la Mayordomía de San Juan y el Barrio de Atienza han superado las diferentes adversidades para la celebración de las fiestas de San Juan de mayo. Con la celebración de los 500 años de Historia, se ha vuelto a recuperar de nuevo la estructura de Hermandad.