La Junta general es el órgano más importante de la Hermandad. Está formada por el conjunto de juanistas, y los acuerdos se toman por mayoría simple de votos. En ella se elige a la Comisión encargada de organizar la fiesta. La Junta general tiene lugar una vez al año y se celebra en el primer cuatrimestre del año.
El origen de estas reuniones es muy antiguo. Se conservan las actas de las reuniones desde el año 1620, aunque hay periodos en los que no se han conservado. Antiguamente se celebraban en la sacristía de la parroquia de Santa María de Atienza. Después de 1784, cuando se suprime Atienza, pasó a celebrarse en San Nicolás de Medina.
Antiguamente se celebraban más juntas o asambleas a lo largo del año. Una reunión tenía lugar antes de la fiesta y otra el día de la Transfiguración (6 de agosto) cuando se elegían los cargos de gobierno. Esta fecha tenía un carácter simbólico, pues igual que Cristo eligió, entre sus apóstoles, a San Juan, Santiago y San Pedro para que fueran testigos del Tabor, el Cabildo elegía, entre sus miembros, a sus cargos directivos.
