Uno de los elementos más destacados de las obras de restauración de la iglesia de San Nicolás de Medina es la recuperación de la capilla de San Juan.
Suprimida Atienza en 1785, la Hermandad de San Juan decidió encargar una nueva imagen del Santo (la de San Juanillo) en 1792, y poco después, en 1795, construyó esta preciosa capilla para darle culto.
Tenemos que tener en cuenta que el altar mayor de Guadalupe estaba presidido por los lienzos de la Anunciación, San José y San Juan Bautista, que hoy se encuentran en la iglesia de la Merced y, después de la supresión del convento de Santo Domingo, por la Virgen del Rosario. San Juan preside el retablo principal de Guadalupe desde 1949, cuando la iglesia fue reabierta después de la Guerra Civil. Esto explica por qué San Juan estaba en una capilla.
El arco de acceso original de la capilla, que fue estrechado a principios del siglo XX por la inestabilidad del edificio, se ha abierto de nuevo, lo que ha sido posible gracias a la construcción del zuncho que sujeta la cúpula y los brazos del crucero.
Por otro lado, se ha recuperado el carácter simbólico de este espacio, colocando de nuevo en su altar a la imagen antigua, que vuelve a presidir, después de 83 años, esta capilla que fue construida para ella.
La imagen titular actual de la Hermandad se ha colocado en la hornacina lateral, con lo que este espacio vuelve a convertirse en el santuario de la devoción del Barrio de Atienza
